Para mí todo va en la misma línea, lo que pasa es que hay 2 grandes bucles temporales. A ver si consigo explicarme:
Línea temporal normal y corriente: la Isla con su Jacob, su Juanes, sus barcos naugragados y demás. Llegan los Dharma, que se pegan con los otros, el incidente EM de 1977, se construye la estación del Cisne, Ben se pasa por la piedra a los Dharma, Desmond naufraga y releva al tío del Cisne en lo de pulsar el botón, hasta que, en 2004 no pulsa el botón, el Oceanic 815 se estrella, llegan los Losties, muertes por doquier, los Oceanic 6 (más Desmond) salen de la Isla justo antes de que Ben la mueva y empiezan los saltos temporales que culminan con Locke saliendo de la Isla y dejando a Sawyer, Jin, Miles, Faraday y Juliet en 1974 (inicio del primer bucle temporal importante).
Fuera de la Isla pasan 3 años en los que Jack el penas consigue convencer, con la ayuda de Ben, a Sayid, Sun, Kate y Hugo (Aaron y Desmond se quedan fuera de momento) de volver a la Isla en el vuelo de Ajira, cosa que hacen. Mientras tanto, en la Isla, los que se quedaron se unieron a la iniciativa Dharma y han pasado 3 años jugando a las casitas.
En el momento en que el Ajira pasa por la Isla, Jack, Kate y Hugo viajan atrás en el tiempo para juntarse con los Losties de la Dharma en 1977, mientras que el resto se queda en el avión que hace el aterrizaje forzoso en la Isla en el presente. En 1977 todo se dirige hacia el incidente, que se produce (por la excavación de la Dharma, whatever happened, happened) pero el pepino nuclear de Faraday no explota. Salto adelante en el tiempo y los Losties de 1977 vuelven al presente en el momento en que Ben mata a Jacob, muere Juliet (lo único que no consigo encajar es lo que le dice a Sawyer, it worked), llega Widmore a la Isla trayéndose a Desmond para que le ayude a destruir a Juanes, se forman los bandos y todo acabará en un enfrentamiento en el que para cepillarse a Juanes, manden a tomar por culo la Isla (al fondo del mar) y alguien (Jacob o su sucesor) pone a los Losties en el avión en el momento del accidente (2º bucle temporal importante) que en esta ocasión no se produce y continua la historia que estamos viendo en los flash-sideaways.
Así que para mí, la realidad alternativa no es estrictamente paralela a lo que está pasando en la Isla ahora mismo, si no que lo que está pasando en la Isla, se dirige a esa realidad alternativa.
Ahora que lo veo escrito, me parece que lo que digo en el anterior párrafo ya lo ha dicho alguien.